Nel tratto nord il fiume percorre terreni prevalentemente costituiti da ciotoli, ghiaie e sabbie. Nella parte "superiore" del Mincio vi è una notevole diversità all'interno del manto vegetale. Infatti ci sono piante ed altri vegetali risalenti ai periodi freddi delle glaciazioni che riescono a convivere con vegetali tipicamente mediterranei.
L'effetto delle arginature e di tutti gli interventi fatti dall'uomo ha causato la distruzione di alcuni piccoli ambienti dove vi era presente una vegetazione riparia. Inoltre sia il terreno che l'acqua si sono impoveriti ed è quindi nato un paesaggio artificiale, geometrico e ripetitivo.
Sono stati eliminati anse a corso lento, rigiri fangosi e rive massicciate ostacolando la crescita di giunchi e canne che costituivano una barriera.
Per quanto riguarda la parte sud, invece, il Mincio attraversa terreni costuiti esclusivamente da terriccio, ghiaietto e argilla molto fini.