La caduta dell’impero romano non diminuì, in un primo tempo, il ruolo di Aquileia. Fu spesso assediata e distrutta (in particolare nel 452 dagli Unni), ma si riprese sotto l’insegna dell’autorità religiosa.
Una parte della cittadinanza, per sfuggire alle invasioni, si era rifugiata nell’antico porto di Grado che acquistò dal quel momento grande importanza, tanto da avere un proprio Patriarcato autonomo, spesso in contrasto con quello Aquileiese.

Tuttavia, con l’avvento dei longobardi nel 568, era cresciuto il peso della “Civitas Forojuliana” diventata capitale del “ducato del Friuli”. La decadenza di Aquileia iniziò con il trasferimento del patriarcato a Cividale nel 737.
Al dominio gotico e longobardo, contrastato dai bizantini sulla costa (vedansi i nomi di località come Basiliano, Basagliapenta un poco più all’interno), seguì quello dei Franchi.

I primi anni del millennio videro protagonista il patriarca Poppone il Grande, di origine tedesca, ghibellino e guerriero, che riportò la sede patriarcale ad Aquileia, ma per un breve periodo. Nel 1077 sorse ufficialmente lo Stato patriarcale quando l’imperatore Enrico IV concesse l’investitura feudale su tutto il Friuli al patriarca Sigeardo.
Nacque così un’entità politica che durò per più di tre secoli. Un unico territorio, dalle Alpi al mare con un solo capo, una sola religione ed una lingua in comune: il friulano. 
Il patriarca era assistito da una folta schiera di collaboratori, e possedeva un vero e proprio esercito di difesa. Esisteva anche un parlamento costituito dai nobili locali. Questi erano formalmente soggetti all’autorità patriarcale, ma i conti di Gorizia godettero di un’autonomia particolare. 
Tra i patriarchi che lasciarono una grande impronta nel corso del loro governo si ricordano Pellegrino II, che all’inizio del 1200 restaurò diverse chiese del Friuli, e, soprattutto Bertrando di Saint Geniès, abile sia dal punto di vista militare che politico e grande mecenate della cultura: fondò infatti  l’Università degli Studi di Cividale e chiamò Vitale da Bologna ad affrescare il Duomo di Udine.

Né la Chiesa né i Franchi riuscirono ad impedire i saccheggi e le carneficine degli Ungari prima dell’anno 1000. Gli Ungari erano una popolazione barbarica, forse imparentata con gli Unni, e risiedevano in Pannonia (attuale Croazia, Ungheria).
Fecero una decina di incursioni in Italia e in una di queste arrivarono fino in Piemonte, dopo aver attraversato la Pianura Padana. Come i loro antichi predecessori erano efferati e crudeli. Ammazzavano o rendevano schiavi i malcapitati, incendiavano e distruggevano tutto dietro loro. 
Le incursioni non riguardarono solo il Friuli. Successivamente gli Ungari furono battuti grazie a un’alleanza tra principi germanici.

A causa di devastazioni ed epidemie, il territorio s’impoverì talmente per mancanza di popolazione e risorse che i patriarchi furono costretti ad importare famiglie slave (dall’Istria, dal Cividalese e dalla Carinzia) per  riabitare le zone del Codroipese e di oltre Tagliamento. Di questa presenza sono rimaste tracce in diversi toponimi come Gorizzo, le varie Gradisca o Gradiscutta, Iutizzo, Lestizza, Belgrado, Sammardenchia ecc...
Per il resto del medioevo il Friuli rimase sotto la tutela del patriarca fino all’occupazione nel 1420 da parte della repubblica di Venezia.